Los estudiantes de la academia ninja son instruidos por un ninja avanzado (generalmente Chunin) al que se le refiere el título de "Sensei" (maestro), quien los pone a prueba con exámenes físicos y escritos. A ellos se les enseña, en los exámenes físicos, el uso de armas básicas como kunais y shurikens y la utilización de jutsus básicos, como jutsus de invocación, de remplazo, de clonación y de transformación, además de probarlos constantemente en exámenes de condición física, tales como pruebas de velocidad, resistencia, punteria, trepar por un árbol, caminar por una cuerda, entre todas las cosas. En los exámenes escritos, se los pone a prueba acerca de su conocimiento en las artes ninja; dentro del tema se destaca el conocimiento del Chakra, la red y sus puntos de salida; tipos de jutsus (por su elemento como por ejemplo si es un jutsu de fuego o de agua) y su clasificación (por ejemplo taijutsu); puntos vitales del ser humano; etc, todo esto es previamente explicado por el Sensei.
Una vez aprobados ambos exámenes, los alumnos reciben una banda llamada "protector ninja" que se coloca en la frente, aunque algunos prefieren llevarla en otras partes del cuerpo. Luego son distribuidos en equipos de 3 integrantes al mando de un Jonin (quien también recibe el título de Sensei del grupo), quien, por lo general, pone a prueba al equipo para ver si están listos para ascender de rango. Una vez aprobado este reto, los integrantes del equipo pasas a ser "Genin", pero si fallan tienen que volver a la academia y perder el año.
Genin:
Los Genin son los ninja de nivel inferior (principiantes). Éstos se encuentran agrupados en equipos de 3, a la cabeza de un Jonin (Sensei). Los equipos son nivelados por un consejo de ninjas de rango superior (lider y élite ninja), de acuerdo con el promedio de las calificaciones de cada uno de los alumnos en los exámenes de la academia.
Cada equipo es encomendado a realizar misiones de nivel "D" (misiones fásiles y sin riesgo) por el lider de la aldea. Si la misión resulta exitosa, la persona que hizo el pedido realizará una donación de dinero como forma de pago y agradecimiento, el cual será utilizado para la restauración y el mantenimiento de la aldea.
Chunin:
Los Chunin son los llamados "ninja regulares" o de nivel medio. A partir de este rango se tiene la capacidad de poder liderar un grupo de ninjas de nivel inferior o del mismo nivel, o bien se puede ser instructor en la academia ninja. Cada año, los Genin que son recomendados por su instructor pueden ser evaluados en los "exámenes Chunin" que se realizan dos veces al año. En ellos participan los mejores Genin de cada una de las aldeas de todos los países y muy pocos pueden aprobarlos. Anteriormente cada aldea de cada país realizaba sus propios exámenes Chunin, pero luego de tantas guerras, se decidió que los exámenes Chunin serían para todos por igual para asi mejorar las relaciones entre los países. Para ello, se seleccionaría la aldea de un país en donde se realizarían dichos exámenes a cargo de los ninjas más calificados de la aldea para ser instructores de cada examen. En total son tres exámenes, los cuales cambian todos los años. En el primer examen se evalúa todo el conocimiento en la filosofía ninja más avanzada, además de probar la determinación de cada participante para ver si es capaz de aceptar cualquier misión sin importar el riesgo y si es capaz de hacer lo que fuere para cumplirla. En el segundo examen, se los evalúa con un examen de supervivencia, en el que deberán cumplir su misión sin dudar de las palabras del instructor, demostrando su paciencia y sus habilidades, estando siempre alerta del peligro enemigo (en este caso, de los rivales genin). Por último, en el examen final, se realiza una serie de peleas entre los aspirantes (o un torneo), en donde demostraran sus habilidades ninja, tales como estrategia, técnica, fuerza, velocidad, valor y determinación. En esta prueba, perder un enfrentamiento no significa reprobar el examen.
A los ninja de ésta categoría se les encomienda misiones de nivel "C" o "B", dependiendo del caso y si el ninja esta capacitado o no para realizarla. Como estas misiones son más difíciles que las de nivel D (dentro de las misiones del nivel C, se encuentra escoltar a una persona en un viaje y protegerla de enemigos menores; y dentro de las misiones de nivel B, se encuentra ser escolta en un viaje en donde se deberá proteger al individuo de otros ninjas o profesionales, robo de documentos y hasta asesinatos), la donación de dinero deberá ser proporcional al nivel de la misión, por lo tanto, tendrá que ser mayor.
Jonin:
Los Jonin son los denominados "élite ninja" o de alto nivel. Para llegar a este rango no se toma un examen, sino que con mucho trabajo y esfuerzo se puede ascender a éste rango. Los requisitos que un ninja debe tener para llegar a esta posición son:
-Ser un Shinobi experto;
-Especializarse en más de un jutsu elemental;
-Cumplir muchas misiones del máximo nivel para un Chunin (nivel B) a la perfección, y estar experimentado en alguna misión de nivel "A";
-Gran desarrollo en las habilidades físicas (velocidad, fuerza, agilidad, defensa, invisibilidad) como mentales (estrategia, paciencia, atención, calma);
-Demostrar su valor ante la muerte (lo que quiero decir es que un ninja de éste nivel debe probar que es capaz de realizar asesinatos a la perfección y demostrar que no teme por su vida).
A un Jonin se le encargan misiones de nivel "A" y "S" (entre ellas se encuentran asesinatos y secuestros de personas importantes a nivel mundial, infiltración y robo de información clasificada o secreta), las cuales son las más caras y peligrosas. Debido a su dificultad, éstas misiones se realizan generalmente en grupos.
Tokubetsu Jonin:
Ésta clase de Jonin es considerada como la "élite ninja especial". Se los denomina especiales, puesto a que han desarrollado una habilidad única que le permite realizar una tarea en especial. Entre las cosas a las que se dedica un Jonin de éste calibre podemos resaltar:-Examinador ninja (como por ejemplo en los exámenes Chunin);
-Instructor privado (es una clase de Sensei que se dedica a enseñar conocimiento y habilidades ninja a personas importantes, como por ejemplo Ebisu)
-Interrogador (usado generalmente en misiones de secuestro y robo de información)
-Rastreador (se dedica a la busqueda de alguna persona en particular, especialmente al rastreo de otros ninja de su aldea).
Kage:
El termino "Kage" literalmente significa "Sombra". Éste es el rango ninja más elevado, ya que son solo cinco los que pueden llegar a éste nivel, uno por cada aldea de cada país, además de que son los líderes que manejan todos los aspectos políticos económicos y culturales a nivel mundial. El Kage es el ninja más fuerte de su aldea (en el momento de su elección), y es la persona que representa a su país.
Una vez adquirido el título no se puede volver atrás, puesto a que éste rango es permanente. Lo que se puede hacer es, cuando el actual Kage esta en una edad avanzada, puede ceder el puesto a un ninja más joven y saludable que él para liderar la aldea. A pesar de ésto, el Kage seguirá manteniendo su rango, aunque no se mantenga activo (jubilación).
Los Kage, por lo general tienen una relación con sus antecesores, ya sea por parentesco, o por si han sido sus Instructores o Senseis.
Los cinco Kage tienen títulos diferentes que dependen de su aldea y de su país. Ellos son:
-Hokage (sombra del fuego), o Kage de Konohagakure, resaltado por el color rojo en su uniforme;
-Kazekage (sombra del viento), o Kage de Sunagakure, resaltado por el color gris en su uniforme (a pesar de que en su primera aparición oficial, su uniforme lleva el color azul);
-Mizukage (sombra del agua), o Kage de Kirigakure, resaltado por el color azul en su uniforme;
-Tsuchikage (sombra de la tierra), o Kage de Iwagakure, resaltado por el color marrón en su uniforme;
-Raikage (sombra del relampago), o Kage de Kumogakure, resaltado por el color amarillo en su uniforme.
Los Kage sólo pueden ser elegidos por el Kage a quien van a reemplazar, o por el consejo de ancianos.